Биологический микроскоп может использоваться для исследования гранулометрического состава почвы, микробиологических исследований, исследования фито- и микопатогенов в составе почвы и других объектов, подготовленных для исследования на предметных стеклах.
Стереомикроскоп следует использовать для исследования макровключений грунта, оценки корней и корневых систем, исследования листьев, других частей растений и почвы, не требующих проходного освещения и увеличения более 50х.