Дистилляторы используют в различных лабораториях для получения высокоочищенной, свободной от бактерий и пирогенов дистиллированной воды, без присутствия посторонних примесей. Дистилляторы применяются при изготовлении реагентов, при подготовке образцов, для приготовления буферных растворов, стерилизации и др.
При необходимости получения воды более высокого качества (ультрачистой) существуют линейки лабораторных систем для очистки воды, включающих устройства угольной адсорбции, оборудование для дистилляции, обратного осмоса, деионизации, микрофильтрации, ультрафильтрации, УФ-окисления. Подготовленная таким образом вода используется для анализов в спектроскопии, хроматографии и других направлениях, где требуется использование ультрачистой воды.