За допомогою спеціальних тестів і поживних середовищ виявляють ферменти й метаболіти мікроорганізмів, що дає змогу візуально відрізнити близькоспоріднені або морфологічно подібні види. Використання високоякісних матеріалів – запорука надійності, зручності й простоти проведення підтверджувальних тестів.
Часто для ідентифікації мікроорганізмів досить проаналізувати тільки морфологію клітин. Найбільш зручний метод – мікроскопія висячої або роздавленої краплі, а також аналіз мікроорганізмів після фарбування різноманітними техніками.
Підрахунок кількості колоній можна проводити трьома способами: автоматично, напівавтоматично та вручну.