Правильний відбір проб для мікробіологічних досліджень є важливою стадією в одержанні коректних результатів випробувань. Матеріали для відбору проб підбираються залежно від досліджуваного зразка. Усі матеріали для відбору проб мають бути стерильними для запобігання контамінації зразків.
Перед проведенням аналізу відібрану пробу необхідно підготувати: зважити, подрібнити, відфільтрувати і т. д. Спосіб підготовки визначається індивідуальними характеристиками проби (твердість, розмір, вологість та ін.), а також методами аналізу й підрахунку результатів.
Поживні середовища є основою для росту мікроорганізмів. Для кожної специфічної бактерії готується окреме поживне середовище відповідно до нормативних документів на метод випробування. Етапи класичного приготування середовищ: варіння, встановлення оптимального рівня рН, освітлювання, фільтрація, розлив, стерилізація, контроль. Альтернативою є автоматизація процесу приготування сухих поживних середовищ або застосування готових.
Посіви проводять як задля виділення збудників із досліджуваного матеріалу від хворих, так і для нагромадження чистих культур із метою подальшого їх вивчення й ідентифікації. Спосіб посіву обирають залежно від зразка, типу мікроорганізмів і агрегатного стану середовища. Посів можна проводити вручну або за допомогою автоматичних приладів. У процесі посіву дуже важливо забезпечити захист від контамінації. Для цього використовуються бокси біологічної безпеки, стерильні матеріали.
Підтвердження та ідентифікація є невід’ємною частиною мікробіологічних досліджень. Найчастіше аналізують морфологію колонії, клітин та їх відношення до різних барвників, здатність утилізувати різні речовини, наявність певних ферментів і метаболітів.
Стерилізація – це знищення в матеріалах, продуктах, рідинах, на поверхнях посуду й обладнання всіх видів мікроорганізмів та їхніх спор. У мікробіологічній лабораторії використовують різні види стерилізації: кип’ятінням, сухим жаром, парою під тиском, плинною парою (фракційна стерилізація), механічна стерилізація.