Це арбітражний метод, доволі тривалий за часом проведення. Для прискорення дослідження можна використати часткову автоматизацію процесу. ДСТУ ISO 13366-1/IDF 148-1:2014 Молоко. Підрахування соматичних клітин. Частина 1. Мікроскопічний (контрольний) метод (ISO 13366-1:2008/IDF 148-1:2008, ISO 13366-1:2008/Cor 1:2009, IDT.
Метод, що базується на зміні фізичних характеристик молока із високим вмістом соматичних клітин у присутності поверхнево-активних речовин. Дозволяє визначити приблизну кількість соматичних клітин в молоці. В Україні не регламентується нормативними документами.
Суть дослідження ґрунтується на виявленні соматичних клітин і загального мікробного числа в молоці методом флуоресцентно-оптичної лазерно-проточної цитометрії. Під дією флуоресцентного барвника клітини в лазерному промені набувають певного забарвлення, яке реєструється детектором проточного цитометра.